Zie ook literatuurlijst niet-toxische stoffen en voeding specifiek bij darmkanker van arts-bioloog drs. Engelbert Valstar.

31 juli 2024: Bron: Cell Reports Medicine

Een 10-genentest gedeeltelijk met hulp van AI = Kunstmatige Intelligentie samengesteld uit oorspronkelijk een 18-genentest voorspelt welke chemo nodig is voor patiënten met darmkanker stadium II en III na operatie voor het optimale resultaat. Hierdoor komt een optimale persoonlijke behandeling weer een stukje dichterbij, aldus de onderzoekers. Ook biedt deze 10-genentest de eventuele mogelijkheden van immuuntherapie bij deze darmkankerpatiënten. 

Hier een vertaling van het abstract via google translate:

Met eerst de belangrijkste punten van de studie:

  • Semi-gesuperviseerd leren om klinisch relevante biomarkers af te leiden
  • Een nieuwe signatuur van 10 genen verfijnt beslissingen over chemotherapie bij stadium II/III-darmkanker
  • De handtekening toont de sterke voorspellende waarde en het potentieel voor behandelingsvoordelen
  • Validatie met behulp van FFPE-monsters om klinische toepasbaarheid te garanderen

Samenvatting:

Het identificeren van patiënten met stadium II- en III-darmkanker die baat zullen hebben bij op 5-fluorouracil (5-FU) gebaseerde adjuvante chemotherapie is cruciaal voor de vooruitgang van gepersonaliseerde kankertherapie. We gebruikten een semi-gecontroleerde machine learning-aanpak (AI = Kunstmatige Intelligentieom een ​​grote dataset met 933 stadium II- en III-darmkankermonsters te analyseren.

Onze analyse maakt gebruik van genregulerende netwerken om een ​​voorspellende signatuur van 18 genen te ontdekken en om een ​​signatuur van 10 genen te onderzoeken die mogelijk de voordelen van chemotherapie voorspelt.
De handtekening met 10 genen vertoont een sterke voorspellende kracht en toont een veelbelovend potentieel om de voordelen van chemotherapie te voorspellen.

We zetten een robuuste klinische test op het NanoString nCounter-platform op, gevalideerd in een retrospectief in formaline gefixeerd, in paraffine ingebed (FFPE) studiegroep, wat een belangrijke stap in de richting van klinische toepassing vertegenwoordigt.

Onze studie legt de basis voor het verbeteren van adjuvante chemotherapie en mogelijke uitbreiding naar besluitvorming over immuuntherapie bij darmkanker.

Toekomstige prospectieve studies zijn nodig om de klinische bruikbaarheid van de 10-genensignatuur in klinische settings te valideren en vast te stellen.

Het volledige studierapport is gratis in te zien, hier het abstract:

Available online 25 July 2024, 101661
Journal home page for Cell Reports Medicine
Article

Discovery and validation of a 10-gene predictive signature for response to adjuvant chemotherapy in stage II and III colon cancer

https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2024.101661Get rights and content
Under a Creative Commons license
open access

Highlights

  • Semi-supervised learning to derive clinically relevant biomarkers

  • A new 10-gene signature refines chemotherapy decisions in stage II/III colon cancer

  • The signature shows the strong prognostic value and potential for treatment benefits

  • Validation using FFPE samples to ensure clinical applicability

Summary

Identifying patients with stage II and III colon cancer who will benefit from 5-fluorouracil (5-FU)-based adjuvant chemotherapy is crucial for the advancement of personalized cancer therapy. We employ a semi-supervised machine learning approach to analyze a large dataset with 933 stage II and III colon cancer samples. Our analysis leverages gene regulatory networks to discover an 18-gene prognostic signature and to explore a 10-gene signature that potentially predicts chemotherapy benefits. The 10-gene signature demonstrates strong prognostic power and shows promising potential to predict chemotherapy benefits. We establish a robust clinical assay on the NanoString nCounter platform, validated in a retrospective formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) cohort, which represents an important step toward clinical application. Our study lays the groundwork for improving adjuvant chemotherapy and potentially expanding into immunotherapy decision-making in colon cancer. Future prospective studies are needed to validate and establish the clinical utility of the 10-gene signature in clinical settings.


Acknowledgments

This work was supported by Sylvester Comprehensive Cancer Center (NCI/NIH BOOST-2023-02) funding. A select number of illustrations were drawn using BioRender. This paper is dedicated to Dr. R. Daniel Beauchamp in memory of his contributions to colorectal cancer research.

Author contributions

X.S.C., C.X., and R.D.B. conceived and designed the study. C.X. led the data analysis. P.X. and J.L. contributed to the bioinformatics and statistical analysis. K.B.L. conducted experiments for NanoString validation. K.K.C., L.W., and J.J.S. contributed to the interpretation of the results. C.X. and X.S.C. drafted the paper. X.S.C., J.J.S., and R.D.B. supervised the study. All of the authors have read and approved the final version before publication.

Declaration of interests

The authors declare no competing interests.

Supplemental information

What’s this?

Download: Download Acrobat PDF file (1MB)
Document S1. Figures S1‒S4 and Tables S1–S7 and S9Table S8. The detailed 5-FU-based ACT chemotherapy regimen of the cohort GSE39582, GSE17538, and VUMC, related to Figure 4Data S1. The NanoString nCounter data and clinical information of the VUMC validation cohort, related to Figure 4Document S2. Article plus supplemental information

References

Cited by (0)

9

These authors contributed equally

10

These authors contributed equally

11

Lead contact






Plaats een reactie ...

Reageer op "10-genentest voorspelt welke chemo het beste zou zijn voor patienten met darmkanker stadium II en III na operatie."


Gerelateerde artikelen