Whole genome sequencing: toekomst van de kankerdiagnostiek?

Het Antoni van Leeuwenhoek, UMC Utrecht en Hartwig Medical Foundation onderzoeken als eersten of het uitlezen van het hele tumor-DNA (whole genome sequencing) inzetbaar is in de standaard diagnostiek voor patiënten met uitgezaaide tumoren. Met als doel een ‘behandeling op maat’ voor zoveel mogelijk patiënten op basis van haar of zijn unieke tumorprofiel. De onderzoekers krijgen hiervoor 1,5 miljoen euro van ZonMW. 

Het project heet WIDE: WGS Implementatie in de standaard Diagnostiek voor Elke kankerpatiënt. Het gaat maximaal twee jaar duren.

Kim Monkhorst, patholoog en WIDE-projectleider in het Antoni van Leeuwenhoek: ‘Deze directe vergelijking tussen whole genome sequencing (WGS) en de zogenaamde standard of care (SOC) gaat ons inzicht geven in de haalbaarheid, kwaliteit, kosten en toegevoegde waarde van de WGS test en gaat ons helpen te bepalen wat de beste plaats is van deze test in het behandeltraject van de patiënt.’

In één keer hele tumor-DNA in kaart

In de standaard diagnostiek wordt vaak maar een klein gedeelte van het tumor-DNA onderzocht en worden verschillende testen na elkaar uitgevoerd. Met whole genome sequencing (WGS) hoeft de patiënt maar één keer tumorweefsel af te staan en wordt het hele tumor-DNA inéén keer in kaart gebracht. Daarmee komt alle mogelijke informatie over de tumor direct beschikbaar. Dit scheelt belastende extra afnames van biopten voor de patiënt, opeenvolgende analyses en een opeenstapeling van testen. In verschillende studies is al aangetoond dat het aflezen van het héle tumor-DNA meerwaarde heeft voor de diagnostiek. Er worden meer aanknopingspunten gevonden voor behandeling op maat, waardoor patiënten die geen andere behandelopties meer hebben soms in aanmerking komen voor specifieke klinische studies.

Reguliere zorg

Toch is de inzet van whole genome sequencing(WGS) nog geen onderdeel van de standaard diagnostiek in Nederland. Dit komt doordat de haalbaarheid ervan in de regulierezorg voor patiënten met kanker nog niet is onderzocht. Ook is er nog geen uitgebreide vergelijking uitgevoerd tussen WGS en standaard diagnostische technieken.

Het onderzoek

Naast de inzetbaarheid van WGS in de routine pathologie, wordt onderzocht of er met WGS extra biomarkersworden gevonden die meerwaarde kunnen hebben voor de behandeling van de patiënt. Biomarkershebben een voorspellende waarde, om te bepalen of een patiënt wel of niet op een bepaald medicijn reageert. Ook wordt gekeken of de oncoloog er betere beslissingen door kan nemen voor een behandelplan. UMC Utrecht onderzoekt de kosteneffectiviteit van de inzet van WGS.

‘Weg bereiden voor landelijke implementatie’

Gerrit Meijer, patholoog in het Antoni van Leeuwenhoek: ‘Als patholoog wil je zoveel mogelijk informatie uit weefselmonsters halen die voor de patiënt relevant is. Het analyseren van het hele genoom met whole genome sequencing (WGS) betekent een grote sprong voorwaarts in tumordiagnostiek. Met dit project kunnen we de weg bereiden voor een solide landelijke implementatie van deze belangrijke technische innovatie, op weg naar de beste diagnostiek voor de beste behandeling.’

Uniek tumorprofiel

‘Dit project moet ertoe bijdragen dat WGS voor alle patiënten met uitgezaaide kanker in Nederland beschikbaar komt in de vergoede zorg. We weten al een geruime tijd dat iedere tumor een nagenoeg uniek profiel heeft en dus mogelijkheden biedt voor een behandeling die aansluit bij de unieke DNA-kenmerken van die tumor. Op deze manier komen steeds meer patiënten met uitgezaaide kanker in aanmerking voor een behandeling op maat.’ Dit zegt Paul Roepman, klinisch moleculair bioloog in de pathologie (Hartwig Medical Foundation/KMBP), die een toenemende vraag ziet van oncologen naar whole genome sequencing.

‘Een grootschalige, brede implementatie van WGS zal daarnaast impact hebben op zowel effecten als kosten, dus het is essentieel om beide uitkomsten goed inzichtelijk te maken en te combineren’, zegt Geert Frederix van de afdeling Health Technology Assessment van UMC Utrecht.

Grote DNA-databank

De uit dit project verkregen genetische en medische data worden toegevoegd aan een reeds bestaande grote DNA-databank van patiënten met uitgezaaide kanker. Met deze rijke databank zal nog beter onderzoek naar kanker kunnen worden gedaan en kunnen naar verwachting in de toekomst veel sneller subgroepen van kankerpatiënten worden onderscheiden die verschillend reageren op behandelingen.

WIDE

Het project draagt de naam WIDE. WIDE staat voor WGS Implementatie in de standaard Diagnostiek voor Elke kankerpatiënt, en vindt plaats in het Antoni van Leeuwenhoek. Alle patiënten met (verdenking op) uitzaaiingen bij wie in de routinediagnostiek een biopt wordt afgenomen voor pathologisch-onderzoek, komen in aanmerking. Het gaat om patiënten met een uitgezaaide solide tumor (geen bloedkankers). De analyse (het ‘sequencen’) van het DNA van de tumor gebeurt bij Hartwig Medical Foundation in Amsterdam. Deze stichting is gespecialiseerd in de uitgebreide DNA-test met behulp van WGSen werkt al nauw samen met het Antoni van Leeuwenhoek.

----------------------------------------------------------

WIDE-studie (WGS Implementatie in de standaard Diagnostiek voor Elke kankerpatiënt)

• Vraagstelling project:
  Is het uitvoeren van whole genome sequencing in de routine diagnostiek haalbaar bij patiënten met uitgezaaide solide tumoren?　　
• Voor wie?
  Patiënten met uitgezaaide solide tumoren, ongeacht hun kankertype, die hun behandeling en routinediagnostiek in het Antoni van Leeuwenhoek krijgen en voor wie routinematig weefselonderzoek van de tumor nodig is.
• Aantal patiënten:
  200 voor wie whole genome sequencing met succes kan worden uitgevoerd
• Duur onderzoek: maximaal 2 jaar
• Financier:
  ZonMW programma Translationeel Onderzoek 2
• Contactpersoon: dr. Kim Monkhorst, afdeling pathologie Antoni van Leeuwenhoek