Aan dit artikel is vele uren gewerkt. Opzoeken, vertalen, op de website plaatsen enz. Als u ons wilt ondersteunen dan kan dat via een al of niet anonieme donatie. Elk bedrag is welkom hoe klein ook. Klik hier als u ons wilt helpen kanker-actueel online te houden Wij zijn een ANBI organisatie en dus is uw donatie in principe aftrekbaar voor de belasting

8 september 2014: lees ook eens dit artikel: 

Aanwezigheid van CD8 positieve expressie plus T-cellen in de tumor en beenmerg wijzen op een significant verlaagd risico op overlijden aan borstkanker. Percentages van 21% tot soms 57% minder risico op overlijden zijn gevonden, afhankelijk van de plaats van de tumoren.

8 augustus 2014: Bron: Cell online: (DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2014.06.049) 

Nieuwe tumorindeling aan de hand van biomarkers is nodig en kan en zal behandelingen sterk veranderen voor veel kankerpatiënten. Nu al blijkt 10% bij 12 verschillende vormen van kanker een andere behandeling te vereisen in vergelijking met de behandelingsprotocollen op basis van de geldende richtlijnen en dit zal de komende jaren, als er meer en meer onderzoek vrijkomt oplopen tot wel 50%.

Aldus de auteurs - Joshua M. Stuart, PhD, hoogleraar biomoleculaire engineering aan de Universiteit van Santa Cruz, Californië, en Charles Perou, MD, en collega's van de Universiteit van North Carolina in Chapel Hill - van een grote moleculaire classificatie studie naar de verschillen tussen de standaard diagnose aan de hand van organen in vergelijking met diagnose aan de hand van biomarkers (eiwitexpressie en DNA mutaties) bij 12 veel voorkomende vormen van kanker.

De studie werd uitgevoerd door onderzoekers van het Cancer Genome Atlas Research Network (TCGA) en 7 augustus 2014 gepubliceerd in Cell online.

moleculair profiling beeld

Figure 1

Integrated Cluster-Of-Cluster Assignments Analysis Reveals 11 Major Subtypes

(A) Integration of subtype classifications from 5 “omic” platforms resulted in the identification of 11 major groups/subtypes from 12 pathologically defined cancer types. The groups are identified by number and color in the second bar, with the tissue of origin specified in the top bar. The matrix of individual “omic” platform type classification/subtype schemes was clustered, and each data type is represented by a different color: copy number, black; DNA methylation, purple; miRNA, blue; mRNA, red; and RPPA, green.

"Met behulp van biomarkeronderzoek naast de standaard diagnose technieken werd een behandeling bij 1 op de 10 patiënten aangepast." aldus Stuart en Perou. "In feite is die 10% herindeling een onderschatting
omdat niet alle tumoren van alle weefsels zijn vertegenwoordigd in deze studie en sommige weefsels waren ondervertegenwoordigd." "Het is mogelijk dat tot 50% van de tumoren zal worden geherkwalificeerd als meer en meer tumorweefsel zou worden geanalyseerd via de biomarkers methode", aldus dr. Dr Stuart.

Deze studie bevestigt wat wij al een hele tijd proberen duidelijk te maken dat voor veel kankerpatiënten een receptorenonderzoek en DNA mutatie onderzoek cruciaal kan zijn voor een optimale behandeling. Zie ook hoe wij u daarbij kunnen en willen helpen.

Opzet en resultaten studie:

Het idee een indeling van de tumoren te maken op basis van moleculaire eigenschappen kwam uit het TCGA Pan-cancer Analyses project. "In het TCGA project dat wordt uitgevoerd bij verschillende tumor types, werden we getroffen door zowel de overeenkomsten als de verschillen die we zagen," aldus Dr Stuart.. "Dit leidde tot het idee van het doen van een uitgebreide analyse van moleculaire gegevens verdeeld over verschillende soorten tumoren."

De onderzoekers analyseerden de moleculaire gegevens van meer dan 3500 tumoren in de eerste Pan-Cancer 12 set - de profielen van de eerste 12 tumor types - uitgevoerd door het TCGA consortium.

De gegevens werden gegenereerd in 6 verschillende "platforms", waaronder genomische platforms voor DNA en RNA sequentie en een platform voor eiwitexpressie. De gegevens werden geanalyseerd op elk platform afzonderlijk en vervolgens door een combinatie van de 6 platforms.
 
"De definitie van de gegevens gebruikt bij de herindeling waren gebaseerd op een analyse van de moleculaire profielen in alle platforms," aldus  hoofdonderzoeker Katherine A. Hoadley, PhD, van de Universiteit van North Carolina in Chapel Hill.

De moleculaire data werden gegenereerd en gedefinieerd naar overeenkomsten en verschillen, ongeacht of ze werden geanalyseerd op 1 platform of een combinatie van platforms. De onderzoekers constateerden dat voor veel tumoren, moleculaire classificaties of subtypen reflecteerden met het weefsel waaruit ze afkomstig waren. Echter, sommige tumoren verzetten zich tegen een categorisering op basis van het weefsel van herkomst," aldus Dr Stuart.

Blaaskanker bv. bleek zeer divers te zijn en zou beter moleculair kunnen worden ingedeeld als blaas-specifieke kanker, plaveiselcarcinomen (zoals gezien bij hoofd/hals tumoren en longen) of adenocarcinoom (zoals die bij bepaalde vormen van longkanker). Bovendien bleken de meeste plaveiselcel vormen van hoofd/halstumoren, vormen van longkankertumoren en sommige vormen van blaaskankertumoren  samen ingedeeld te kunnen worden in 1 groep op basis van hun biomarkers - hun moleculaire gegevens.

De onderzoekers stellen dat op basis van o.a. deze studie dat de divergentie en convergentie beter zou kunnen worden verklaard door de cel van oorsprong dan door het weefsel van herkomst en dat de
classificatie van tumoren op basis van moleculaire gegevens gevolgen heeft voor de behandelingen.

moleculair profiling beeld 2

Implicaties voor de behandeling:

"De meeste huidige protocollen voor behandeling van tumoren zijn gebaseerd op het weefsel van oorsprong. Misschien wanneer tumoren een grote moleculaire diversiteit tonen, zoals blaaskanker, moet de behandeling worden gebaseerd op een moleculaire analyse naast de diagnose van het weefsel van het orgaan", aldus Dr Stuart.

Basaalachtige borstkanker (plaveiselcarcinoomachtig) bleek vaak ook sterk te lijken op een originele plaveiselcelcarcinoom of op eierstokkanker. "Hoewel de basaalachtige borstkanker ontstaat in de borst, op moleculair niveau, lijkt het veel op een plaveiselcelcarcinoom van hoofd/halstumoren, aldus 1 platform, of lijkt het eerder eierstokkanker  wanneer geanalyseerd via een ander platform,"

Op basis van deze waarnemingen kan basaalachtige borstkanker beter op dezelfde manier worden behandeld als eierstokkanker of vormen van plaveiselcarcinomen, aldus de onderzoekers

Follow-up studies zijn nodig om deze bevindingen te bevestigen, maar deze studie heeft de basis gelegd voor het definiëren van tumoren op basis van moleculaire gegevens. Moleculaire subtypering is in principe ervoor gereed om de patiënten betere behandelingsopties te bieden.

De moleculaire herclassificatie van tumoren zal ook helpen om andere studieprotocollen te ontwerpen. In de nabije toekomst zal het zo worden dat patiënten worden ingeschreven in klinische studies op basis van het moleculaire profiel van de tumoren, in plaats van het weefsel van organenoorsprong.

(Redactie: overigens gebeurt dit nu ook al, er zijn wereldwijd veel fase I/II studies geopend gebaseerd op biomarkerprofielen, echter meestal alleen open voor kankerpatiënten die uitbehandeld zijn en ver uitgezaaide vormen van kanker hebben. Beter zou natuurlijk zijn om direct bij de eerste diagnose de biomeolecualire profielen mee te nemen in de diagnose en behandelingsplannen). .

De huidige studie werd beperkt tot onderzoek naar weefsel van de primaire tumoren. Stadiumspecifiek en weefsel van uitzaaiingen zullen later ook meegenomen moeten worden in een definitieve classificatie.

Conclusie:

"In de toekomst zal de moleculaire profilering worden gebruikt om de tumor behandelingen verder te personaliseren." "Het zal uiteindelijk zorgen voor de biologische basis voor een gepersonaliseerde behandeling van kanker die patiënten en artsen met spanning af wachten," aldus de onderzoekers.

De auteurs hebben geen relevante financiële relaties bekendgemaakt.

Het volledige studierapport: Multiplatform Analysis of 12 Cancer Types Reveals Molecular Classification within and across Tissues of Origin is gratis in te zien.

Hier het abstract van deze studie:

Multiplatform Analysis of 12 Cancer Types Reveals Molecular Classification within and across Tissues of Origin

Source: Cell online: DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2014.06.049

Katherine A. Hoadley20 Christina Yau20 , Denise M. Wolf20 , Andrew D. Cherniack20 , David Tamborero, Sam Ng , Max D.M. Leiserson, Beifang Niu , Michael D. McLellan, Vladislav Uzunangelov, Jiashan Zhang , Cyriac Kandoth, Rehan Akbani, Hui Shen22 , Larsson Omberg, Andy Chu, Adam A. Margolin21, Laura J. van’t Veer, Nuria Lopez-Bigas, Peter W. Laird22, Benjamin J. Raphael, Li Ding, A. Gordon Robertson, Lauren A. Byers, Gordon B. Mills, John N. Weinstein, Carter Van Waes, Zhong Chen, Eric A. Collisson, The Cancer Genome Atlas Research Network, Christopher C. Benz, Charles M. Perou , Joshua M. Stuart20Co-first author
21
Present address: Oregon Health Sciences University, 3181 S.W. Sam Jackson Park Road, Portland, Oregon 97239-3098, USA
22Present address: Van Andel Research Institute, 333 Bostwick Avenue, Northeast, Grand Rapids, Michigan 49503, USA

Highlights

  • New integrated cross-tumor-type classification carries prognostic information
  • Convergence of a multitissue squamous type
  • Divergence of bladder cancers into multiple pan-cancer subtypes
  • Rich resource for data-mining and biological discovery

Summary

Recent genomic analyses of pathologically defined tumor types identify “within-a-tissue” disease subtypes. However, the extent to which genomic signatures are shared across tissues is still unclear. We performed an integrative analysis using five genome-wide platforms and one proteomic platform on 3,527 specimens from 12 cancer types, revealing a unified classification into 11 major subtypes. Five subtypes were nearly identical to their tissue-of-origin counterparts, but several distinct cancer types were found to converge into common subtypes. Lung squamous, head and neck, and a subset of bladder cancers coalesced into one subtype typified by TP53 alterations, TP63 amplifications, and high expression of immune and proliferation pathway genes. Of note, bladder cancers split into three pan-cancer subtypes. The multiplatform classification, while correlated with tissue-of-origin, provides independent information for predicting clinical outcomes. All data sets are available for data-mining from a unified resource to support further biological discoveries and insights into novel therapeutic strategies.


Plaats een reactie ...

Reageer op "Tumorindeling mede aan de hand van biomarkers - biomoleculaire profielen is nodig en zal behandelingen sterk veranderen voor veel kankerpatiënten. Van 10 procent nu tot 50 procent straks. Aldus grote studie van het TOGA"


Gerelateerde artikelen
 

Gerelateerde artikelen

Met de goedkeuring van Larotrectinib >> Meisje van drie jaar komt >> Pembrolizumab brengt vrouw >> CAR-T cel therapie: Nieuwe >> lenvatinib samen met pembrolizumab >> Biomarkers zoals PD-L1, CD163+ >> Overzicht van alle wereldwijd >> Larotrectinib geeft bijzonder >> Bepaalde darmbacteriën kunnen >> Pembrolizumab - Keytruda geeft >>